冯思谦 教授 博士生导师
Email: feng.siqian@seu.edu.cn
办公地点：南京市四牌楼2号，微波楼109室
2004年获得上海交通大学生物工程学士学位，2011年获得美国马里兰大学College Park分校分子细胞生物学博士学位。从2012年7月起在美国哥伦比亚大学从事研究工作，先后担任博士后研究员以及副研究科学家（Associate Research Scientist）。2023年8月加入东南大学生命科学与技术学院，担任研究员（正高级职称），并获聘江苏省特聘教授。
研究方向：转录调控的分子机制，以及转录在发育和进化过程中的作用
方向1：每个细胞都必须精确调控它们的基因表达，而转录被普遍认为是基因表达过程中最重要的调控节点。本课题组以果蝇Hox家族转录因子为模型，融合前沿的全基因组系统生物学，以及经典的分子遗传和发育生物学等手段，揭示细胞特异性转录调控的详细分子机理。
方向2：在漫长进化过程中，全新身体结构时常出现，例如哺乳动物的胎盘以及昆虫的翅。此类全新结构往往赋予物种极大生存优势。全新身体结构最初如何进化出来，是目前进化发育（EvoDevo）领域最重要的未解之谜之一。目前证据指向转录调控在这一过程中作用重大。本课题组以昆虫的翅为模型，充分利用在转录领域的专长，探索全新身体结构如何从无到有进化出来。
方向3：新技术对于科学研究的促进作用不言而喻，本课题组致力于开发新的基因组学和分子生物学技术以达成现有方法难以实现的研究目标。课题组最近利用SpyTag和SpyCatcher之间的蛋白质共价相互作用，成功获取细胞特异性蛋白-DNA结合数据。今后，课题组将继续利用蛋白共价相互作用实现对于体内组织的多维度细胞特异性表征。
近期代表作：
Siqian Feng# and Richard. S Mann#. Scarless modification of the Drosophila genome near any mapped attP sites. Current Protocols. 3(8):e855 (2023). #兼通讯作者
Siqian Feng, Chaitanya Rastogi, Ryan E. Loker, William J. Glassford, H. Tomas Rube, Harmen J. Bussemaker, and Richard S. Mann. Transcription factor paralogs orchestrate alternative gene regulatory networks by context-dependent cooperation with multiple cofactors. Nature Communications. 13(1):3808 (2022).
Siqian Feng# and Richard S. Mann#. SpyChIP identifies cell type-specific transcription factor occupancy from complex tissues. PNAS, 119(25): e2122900119 (2022).#兼通讯作者
H. Tomas Rube, Chaitanya Rastogi, Siqian Feng, Judith F. Kribelbauer, Allyson Li, Basheer Becerra, Lucas A. N. Melo, Bach Viet Do, Xiaoting Li, Hammaad H. Adam, Neel H. Shah, Richard S. Mann, and Harmen J. Bussemaker. Probing molecular specificity with deep sequencing and biophysically interpretable machine learning. Nature Biotechnology. 40(10):1520-1527 (2022).
Siqian Feng#, Shan Lu, Wesley B. Grueber and Richard S. Mann#. Scarless engineering of the Drosophila genome near any site-specific integration site. Genetics. 217(3), iyab012 (2021). #兼通讯作者。
Judith F. Kribelbauer, Ryan E. Loker, Siqian Feng, Chaitanya Rastogi, Namiko Abe, H. Tomas Rube, Harmen J. Bussemaker and Richard S. Mann. Context-Dependent Gene Regulation by Homeodomain Transcription Factor Complexes Revealed by Shape-Readout Deficient Proteins. Molecular Cell. 78(1):152-167.e11 (2020).
Siqian Feng, Steffi Thomas and Jian Wang. Diverse tumor pathology due to distinctive patterns of JAK/STAT pathway activation caused by different Drosophila polyhomeotic alleles. Genetics. 190(1):279-82 (2012).
Siqian Feng*, Jianhua Huang* and Jian Wang. Loss of the Polycomb group gene polyhomeotic induces non-autonomous cell proliferation. EMBO Reports. 12(2):157-63 (2011).
