根据2017年1月最新发布的ESI学科排名，东南大学的“神经科学与行为科学”首次进入世界前1%，这是继2016年5月新增“药理学与毒理学”之后学校取得的又一突破。截至目前，东南大学进入ESI学科排名的学科数增至10个，其他9个ESI学科分别为工程学、计算机科学、材料科学、数学、物理学、化学、临床医学、生物学与生物化学、药理学与毒理学。同时，多个学科的排名稳步上升，其中，“工程学”位列第45位，“计算机科学”位列第66位。
下表为此前东南大学9个ESI学科的排名情况。
学科
国内排名
世界排名
前进变动
工程学
7
44
12
计算机科学
4
72
19
材料科学
29
159
19
数学
9
98
14
物理学
18
450
9
化学
31
319
34
临床医学
33
1172
85
生物学与生物化学
35
759
69
药理学与毒理学
36
689
基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，简称ESI）是由世界著名的学术信息出版机构美国科技信息所(ISI)于2001年推出的衡量科学研究绩效、跟踪科学发展趋势的基本分析评价工具，是基于汤森路透Web of Science? （SCIE/SSCI）所收录的全球12000多种学术期刊的1000多万条文献记录而建立的计量分析数据库，ESI已成为当今世界范围内普遍用以评价高校、学术机构、国家/地区国际学术水平及影响力的重要评价指标工具之一。
ESI设置了22个学科，分别为：生物学与生物化学、化学、计算机科学、经济与商业、工程学、地球科学、材料科学、数学、综合交叉学科、物理学、社会科学总论、空间科学、农业科学、临床医学、分子生物学与遗传学、神经系统学与行为学、免疫学、精神病学与心理学、微生物学、环境科学与生态学、植物学与动物学、药理学和毒理学。
排名有3种方式，分别依据总被引次数、论文总数和篇均被引次数排序，其中被采用较多的一般是按总被引次数的排名。
