图像处理与分析平台由三台蔡司共聚焦显微镜和两台莱卡荧光显微镜组成，其具体构成和参数配置如下。
蔡司共聚焦显微镜分别为：激光共聚焦显微镜LSM510，配置488nm、543nm、633nm激光；激光共聚焦显微镜LSM700，配置405nm、488nm、555nm、639nm激光；双光子共聚焦显微镜LSM710，配置单光子激光405nm、488nm、561nm、633nm，双光子激光680—1064nm。共聚焦显微镜可用于观察各种染色、非染色荧光标记的组织、细胞等，包括细胞组织结构的精确描述、定位，离子通道的直观观察和变化的动态记录。此外，LSM710可用于活体检测，双光子光源波长较长，穿透力强，可观察更深层次的组织结构。
两台莱卡荧光显微镜分别为正置显微镜DM5000B，主要用于组织切片观察，倒置显微镜DM3000B，主要用于活细胞观察。
