2024年7月25日，来自东南大学的谢芃研究员和林承棋、罗卓娟教授领衔的研究团队，在权威生物信息学期刊《Bioinformatics》上发表了题为“SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data”的研究论文。该研究的核心贡献在于开发了SpatialQC这一创新工具，填补了当前空间转录组数据分析流程中缺乏一站式质控（QC）工具的空白，并进而促进了数据质量的提升与分析流程的简化。
空间转录组学的出现揭示了生物组织内部的空间异质性，极大地推进了为我们对细胞间及分子间相互作用机制的深层次理解。在空间转录组学领域内，数据的质量控制（QC）是影响数据分析准确性、可靠性乃至科学结论有效性的关键环节。当前，空间转录组数据分析流程普遍缺乏一个综合性的、一站式QC工具，以系统地评估和优化数据质量，这限制了数据处理过程的效率，还可能影响后续分析的深度和精度。鉴于此，开发一款具备高度自动化、全面覆盖数据质量评估各个方面的空间转录组QC工具显得尤为重要。
SpatialQC从切片、细胞和基因三个维度上实现了对空间转录组数据的综合自动化质控。该软件能够直接获得用于下游分析的清洁数据，并生成全面的交互式QC报告，以便用户探索与检查数据的质量。SpatialQC的设计广泛适用于包括Visium，Stereo-seq等基于高通量测序的空间转录组学数据，以及MERFISH，Xenium等基于成像的空间转录组学数据。论文的研究结果表明，SpatialQC在大多数空间转录组技术中均展示了良好的性能和准确性，使研究人员能够快速识别异常的切片、细胞，并进行进一步的定量分析。综上，SpatialQC为空间转录组学研究提供了一个高效、全面的质量控制解决方案。
东南大学生物科学与医学工程学院谢芃研究员、生命科学与技术学院林承棋教授与罗卓娟教授为该论文的共同通讯作者。东南大学生命科学与技术学院硕士生毛广尧和副研究员杨屹为该论文的共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金和深圳市科技计划等项目的资助。（生科院）
论文链接：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae458
